Klubi vapp valmis FC Flora fänni ja presidendi koostööl, kus kujutatakse Vana-Kreeka jumalannat Flora – kevade ja ilu jumalannat. Klubi on Jumalanna Flora väärtuste edasikandja.
FC Flora logo läbis uuenduskuuri 2016. hooaja alguses. Logo keskseks sümboliks oleva jumalanna Flora järgi on klubi endale ka nime võtnud. Kevade- ja lillede jumalanna tähistab märksõnu, mis käivad kaasas ka klubi tööpõhimõtetega – nooruslikkus, järjepidevus ja avatus. FC Flora värvideks on roheline ja valge, sümboliseerimaks kasvamist, puhtust ja ausust.
Peale klubi 10. meistritiitli võitmist 2016. aastal võeti esindusmeeskonna särkidel kasutusele kahe tähega logo, mille puhul nagu eelnevalt mainitud, tähistab tähe iga tipp võidetud tiitlit. Alates 2018. aastast võtame kõikidel edaspidistel toodetel ja (kujundus)materjalidel kasutusele ainult tähtedega logo variandi, seda nii noorte, naiste kui ka meeste puhul.
Roheline värviretsept trükiks on C 100 M 0 Y 100 K 0 ja veebis kasutamiseks R 0 G 150 B 57.